从现实因素来看，历经岁月变迁、战争破坏以及自然侵蚀等，都可能是导致其消失的重要原因。

在历史上，南京作为多个朝代的都城，经历了无数次的战乱，明故宫可能在这些战火中遭受了严重的损毁。

同时，随着时间的推移，自然因素如风雨侵蚀、地质变化等，也可能对宫殿建筑造成破坏，使其逐渐湮灭。

然而，这些只是基于一般历史规律的推测，目前并没有确凿的证据能够明确指出明故宫消失的具体原因。

风水传说增添神秘色彩南京历史上在此建都的王朝大多短命，这一现象引发了诸多风水传说。

秦始皇第五次东巡至金陵时，方士称此地有“天子之气”，秦始皇为泄王气，命人开凿方山、引淮水灌流，并将金陵改名为秣陵。

此后秦始皇东巡途中病逝，有人认为这是其“破天机”遭反噬。

而朱元璋攻下集庆路（金陵）后，将其改名为应天府，1368年建立明朝并以应天府为京师。

秦始皇与朱元璋对金陵的不同举措及后续王朝命运的差异，让人们猜测南京的风水是否影响了王朝的兴衰。

但这些风水传说缺乏科学依据，更多是古人基于当时认知和文化背景的一种解读和想象。

离奇事件引发猜测2006年南京明故宫门前发生奇怪车祸，一辆小轿车突然九十度大转弯撞向石狮子，导致副驾驶男子当场死亡，而石狮子毫发未伤，司机称方向盘失控、刹车失灵且未饮酒。

次年类似事件再次发生。

这些离奇事件虽然增加了明故宫的神秘氛围，但目前也无法用科学方法解释其与明故宫消失或风水之间的直接联系。