尽管考古学家已经研发出一些保护剂，但如何大规模保存这些彩绘，仍是考古界面临的重要课题。

兵器消失之谜：根据《史记》的记载，秦军装备了先进的武器，但在兵马俑坑中，却很少见到与陶俑配套的兵器。

仅在1号坑中发现了少量青铜剑、弩机和箭镞，这一现象引发了诸多猜测，如兵器是否被转移、是否因某种原因未被埋入等。

建造工期之谜：兵马俑坑中约有8000件陶俑和陶马，如此庞大的数量，按照当时的生产力水平，需要多少工匠、花费多少年才能完成，以及如何组织生产、保证质量完成大规模生产，都是需要进一步研究的问题。

工匠命运之谜：参与建造兵马俑的工匠在完成工程后去向不明。

他们是否全部被处死、被转移去建造其他工程，还是解散回乡，至今仍是一个未解之谜。

地下皇城之谜：司马迁曾描述秦始皇陵地宫“以水银为百川江河大海”，现代考古探测也发现封土堆存在强烈汞异常现象。

然而，地宫内部的具体结构以及蕴藏的珍宝情况，仍需未来的发掘来揭示。

青铜车马之谜：兵马俑坑附近出土的青铜车马制作工艺精湛，马匹身上的金银装饰细如发丝，车辆结构复杂精密。

但其象征意义不明，是供秦始皇灵魂出游的座驾，还是代表其生前的仪仗队，至今尚无定论。

铭文符号之谜：考古学家在陶俑身上发现了不少刻划符号和文字，包括数字、工匠名字等。

然而，还有一些符号的含义至今未能破解，它们可能是作坊的标记或质量检验的标志。